mirTargets2.0

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PlatformJava Runtime Environment(JRE)
Windows Offline (64-bit) 69.6MBJRE is not needed.
Windows Offline (64-bit) 7.6MBJRE is needed before running mirTargets2.0.
Mac OS X, Linux, and Solaris 3.7MBJRE is needed before running mirTargets2.0.

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图1 软件主界面

软件功能:

  • 预测miRNAs的靶基因;
  • 预测调控基因的miRNAs;
  • 可同时输入miRNAs和gene symbols进行相互预测。

采用的数据库版本:

  • TargetScan:Release 8.0
  • miRDB:Version 6.0

使用说明

本软件可以方便的完成TargetScan和miRDB靶基因的预测、结果输出和取交集。

1、预测miRNA的靶基因

在软件最左侧的编辑框中输入miRNA的列表(如:hsa-miR-26b-5p),点击“Predict”按钮进行预测。如图1所示,在targetScan和miRDB字段中,“1”表示在对应数据库中miRNA调控对应的基因,而“0”表示不存在调控;字段“intersection”中“1”表示只在一个数据库中存在调控关系,“2”表示两个数据库均显示存在调控关系。

2、预测调控基因的miRNA

在软件最左侧的编辑框中输入gene symbol的列表(如:PTEN),此时软件会显示“Species”下拉框,选择对应物种或选择所有物种“ALL”后,点击“Predict”按钮进行预测。

3、相互预测miRNA和靶基因

在软件最左侧的编辑框中同时输入miRNA和gene symbol(如:图1所示),点击“Predict”按钮,软件只分析输入的miRNA和基因之间是否存在调控关系。

4、以前版本

mirTargets1.3下载