circMir

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软件主要功能：

circMir采用miRanda和RNAhybrid算法预测circRNAs结合的miRNAs，也可以预测miRNAs结合的circRNAs，并得到circRNAs反向剪切点处结合的miRNAs，图形化显示结合位点在circRNA的定位，运行结束后可以导出详细的预测结果。

图1 软件主界面

使用说明

1、采用的预测算法

（1）miRanda 2010 Release

采用默认参数，即：
(i) Gap Open Penalty：-9.0;
(ii) gap extend penalty：-4.0;
(iii) score threshold：140.0;
(iv) energy threshold：1.0 kcal/mol;
(v) scaling parameter；4.0。

（2）RNAhybrid-2.1.2

参数设置如下：
(i) Perfect miRNA seed complementarity with circRNA sequence；
(ii) P < 0.05；
(iii) miRNA:circRNA binding energy < −26 kcal/mol。

2、包含的物种

数据库中已经导入了人（hsa）和小鼠（mmu）的circRNA和miRNA的序列，用户可以通过输入circBase id（如has_circ_0000284）和miRNA id（如hsa-miR-16-5p）直接进行预测。对于数据库中没有的物种和基因序列，用户可以通过输入序列进行预测。

3、circRNAs的输入

图2

circRNAs的输入有以下两种方法：

（1）如图2所示，在①处输入circBase数据库circRNA的编号。程序会根据输入的circRNA编号自动调用序列，对检索不到的circRNA会用红字标出。

（2）将circRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件（图3），点击②处按钮浏览并选择Fasta格式的文件。需要注意的是“>”后面的circRNA名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。

图3 circRNAs序列的Fasta格式

4、miRNAs的输入

miRNAs的输入有以下三种方法：

（1）在③处的下拉框选择物种，程序会列出miRbase Release 21中该物种所有的成熟miRNAs名称，您可以只选择其中一个miRNA或通过选择“ALL”来选定该物种所有的miRNAs。

（2）在④处输入miRNAs编号。程序会根据输入的miRNAs编号自动调用序列，对检索不到的miRNAs会用红字标出（如图2所示）。

（3）将miRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件，点击⑤的按钮浏览并选择Fasta格式的文件（图4）。与circRNAs一样，“>”后面的miRNAs名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。

图4 miRNAs序列的Fasta格式

5、运行程序

完成上述步骤，点击按钮“GO”，程序会逐步完成序列调用、预测、数据读取、结果导出和图形化显示。视输入的circRNAs和miRNAs数量的不同，预测时间也会有较大差异，circRNAs数量与miRNAs数量的乘积最好不要超过1万，否则会运行较长时间

程序运行结束后，会自动打开写入了结果的Excel表格，您可以“另存”或直接关闭然后在程序根目录中找名为“miRanda_RNAhybrid+时间数字.xlsx” Excel。Excel表中的数据是miRanda和RNAhybrid 两软件的交集。当miRNA与circRNA的结合位点位于circRNA剪切点时，软件会用红色字体标注该预测结果（图5）。

图5 预测结果

6、图形化显示circRNA结合的miRNAs

程序运行结束后，⑥处会图形化显示circRNA结合的miRNAs，您可以通过⑥下拉框更改图形显示的参数（图2）。

7、结果导出

在绘图区单击右键（图6），即可出现导出菜单。如果只导出miRanda的预测结果则单击“Export miRanda results”；如果只导出RNAhybrid的预测结果则单击“Export RNAhybrid results”；如果要导出预测结果的列表则单击“Export Interactions”，导出Excel包含三个sheet页面，分别是miRanda和RNAhybrid软件的结果和两者的交集，到出的结果可以利用cytoscap制作网络图。

图6 结果导出菜单